Introducción: Las micosis se han convertido en un problema importante para la salud humana en las últimas décadas, especialmente en pacientes con sida. Objetivo: Identificar las principales micosis que se diagnosticaron en fallecidos con sida en los años 1996 - 2013 y comparar con un estudio publicado anteriormente que comprende del 1985-1995. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio de serie de casos. Se revisaron las historias clínicas y protocolos de autopsias consecutivas de 676 fallecidos cubanos con sida en el IPK, 1996 - 2013. El diagnóstico de las micosis se basó en las características histopatológicas de las lesiones y el resultado de coloraciones especiales para hongos. Resultados: La frecuencia de las micosis en la serie analizada fue de 26,6%. La infección por Pneumocystis jirovecii  fue la más frecuentemente encontrada (33,3%). La criptococosis, en segundo lugar (25,6%). La microsporidiosis ocurrió en 15,6%, infección no descrita en estudios previos. La candidiasis, la histoplasmosis diseminada y la aspergilosis pulmonar se diagnosticaron en  11,1%, 10,6% y 3,3% de los casos, respectivamente. Se identifican los riesgos por sexo y las micosis como de debut sida. En la serie analizada no se identificaron otras micosis menos comunes asociadas a la infección por VIH. Conclusiones: Este estudio permite determinar la prevalencia de las infecciones micóticas en fallecidos por sida. Se identificaron las mismas micosis que en la investigación previa aunque en proporción diferente y se identificó la microsporidiasis, no descrita en estudios anteriores. Estos resultados demuestran el impacto de las infecciones fúngicas en este tipo de población.